La Secretaría de Educación, Cultura y Deporte de Magangué es la dependencia de la organización administrativa del municipio encargada misionalmente de dirigir y administrar el servicio público educativo en el ámbito de su jurisdicción. Desde el punto de vista jurídico administrativo, es una Secretaria de Despacho Municipal del nivel directivo, conformada por las siguientes dependencias: Despacho del Secretario, Planeación, Cobertura Educativa, Inspección y Vigilancia, Calidad Educativa, Recursos Humanos, Jurídica, Financiera, Servicios Informáticos y Atención al Ciudadano. Cada una de las unidades de su estructura orgánica cuenta con grupos de trabajo que desarrollan las distintas tareas misionales de la organización.